Patronícium sv. Ondreja malo v súvislosti s pochovávaním v Prešporku dlhú tradíciu, spomínanú už začiatkom 14. storočia. Ondrejské cintoríny sa nachádzali v širšom okolí tejto lokality už skôr, prvý pri Kostole sv. Alžbety medzi Špitálskou a Hollého ulicou. Neskôr sa na ploche medzi Dunajskou, Špitálskou a Rajskou nachádzal lazaretský cintorín, uvádzaný aj ako nový Ondrejský cintorín s rozlohou 1618 štvorcových siah. Na plánoch Bratislavy z roku 1780 sa ešte nenachádza, ale na ďalších z rokov 1820 a 1848 je vidno rozširovanie Ondrejského cintorína. Túto rozlohu si zachoval až do 60.-70. rokov 20. storočia, kedy sa na ploche približne 6 hektárov nachádzalo asi 15 000 hrobových miest. Na cintoríne odpočívajú vedľa seba obyvatelia starého Prešporka aj neskoršej Bratislavy bez ohľadu na ich bývalý stav či spoločenské postavenie, bez ohľadu na ich význam či úspech v živote. O niektorých sa možno dočítať kusé informácie na náhrobkoch, spomienky na iných dávno upadli do zabudnutia. Mená ako Pálffy, Esterházy, Feigler, Ortvay, Manderla, Palugyay, Justi, Kozics, Werner, Ludwig, Marshall, Riegele, Lafranconi, Albrecht, bratislavský „Robinson“ Karl Jetting, Majsch, Tido Gašpar, J. E. Hubert, Gessay, Žabota, Šrobár, Melkovič, Satinský a mnohí ďalší tvorili históriu mesta.
Dnešnú podobu a rozlohu získal cintorín zredukovaním plochy kvôli rozširovaniu komunikácie Karadžičova a transformáciou cintorína na park. Realizácii prác predchádzali prieskum a inventarizácia zelene a historicko-umelecký prieskum, na základe ktorých sa obnovila a zrevitalizovala zeleň a zaevidovalo sa 531 najhodnotnejších náhrobkov z hľadiska umelecko-historického, 160 osobností z hľadiska spoločensko-historického, vyše 40 náhrobkov bolo zapísaných do zoznamu hnuteľných kultúrnych pamiatok a 9 hrobov významných osobností pribudlo k dvom už skôr vyhláseným za nehnuteľné kultúrne pamiatky. Neskôr k nim v 80-tych rokoch pribudli viaceré kaplnky, niektoré zaniknuté náhrobky významných osobností pripomínajú pamätné tabule.
Na území cintorína sa nachádza gréckokatolícky Chrám Povýšenia vznešeného a životodarného kríža, ktorý od roku 2008 slúži ako katedrála Bratislavskej eparchie. Postavili ho v roku 1861 podľa projektu I. Feiglera ml. a pôvodne to bola Kaplnka svätého Ondreja latinského obradu, gréckokatolícka cirkev ho používa od r. 1972. Autorom mnohých náhrobkov na cintoríne je sochár A. Rigele. Architektonické prevedenie jednotlivých hrobov, krýpt a náhrobkov je odlišné. Časť z nich bola postavená v štýle novorenesancie, časť v štýle novogotiky a tiež tu nájdeme aj klasicistické prvky.